Debido a la superioridad numérica y tecnológica de la secta, los humanos se ven forzados a desarrollar en los laboratorios gubernamentales de la UNCS(El Comando Espacial de la Naciones Unidas) en el planeta Reach un proyecto secreto llamado SPARTAN II en el cual una serie de hombres y mujeres son mejorados biológicamente para convertirlos en supersoldados capaces de terminar el conflicto. Pero Reach es atacado por el Covenant del cual solo una nave de la UNSC escapa, el Pillar Of Autumn capitaneado por el Almirante Jacob Keyes cargando al único Spartan superviviente de la batalla, Soldado numero 117, el Jefe Maestro.

Para evitar que el Covenant los siga hacia la Tierra el Pillar Of Autumn hace un salto ciego al hiperespacio llegando a los bordes de la galaxia, aunque con sus enemigos pisandoles los talones. El Jefe Maestro, una vez despertado de su crio-estasis por ordenes de Keyes escapa de el Pilar llevandose a la I.A. femenina de esta, Cortana para prevenir que el Covenant la capture y aprenda de los puntos debiles de la UNSC y de la localizacion de la tierra. Una vez insertada en la armadura cibernetica del Jefe, los dos escapan en una capsula salvavidas de la nave que esta siendo atacada por hordas del Covenant y aterrizan en un planetoide con forma de anillo llamado "Halo". En la superficie de Halo, el Jefe localiza y rescata a las fuerzas desperdigadas de soldados marines que también habian escapado de la Autumn y luego rescata al Almirante Keyes, preso por el Covenant en una de sus naves estacionada en Halo, la "Verdad y Reconciliacion".

Una vez libre, Keyes ordena a Cortana y al Jefe localizar la Sala de Control de Halo antes que el Covenant. Ellos lo logran mediante El Cartógrafo Silencioso, un mapa de todo el anillo. Pero Cortana, insertada en las redes de la Sala de Control descubre que los Covenant accidentalmente han liberado a una virulenta e infecciosa raza alienígena en el anillo llamada los Flood y lo manda a buscar a Keyes y un escuadrón de marines en un oscuro pantano al que habían ido en busca de un supuesto deposito de armas del Covenant, justamente el lugar donde reaparecieron los Flood.

Mediante la grabación del casco de uno de los marines el Jefe descubre que los Flood emboscaron a Keyes y su escuadron y que al parecer los infectaron convertiéndolos en agresivos mutantes para engrosar sus filas. El Jefe y un pequeño puñado de marines sobrevivientes luchan desesperadamente contra los Flood en las afueras del pantano para escapar en un Pelican, pero acercándose a una extraña estructura el Jefe es teletransportado por un monitor robótico llamado343 Guilty SparkFlorerunners lo crearon a él y al anillo antes de desaparecer misteriosamente al disparar el anillo usando un Indice para prevenir que los Flood escaparan hace milenios, y que ahoran deben hacer lo mismo, guiándolo a través de una biblioteca subterránea Forerunner para recuperar el Indice, y por supuesto con cientos de formas Flood en el camino. Pero el Jefe eventualmente encuentra el Indice y vuelve con Spark a la Sala de Control, cuando estaba a punto de activar Halo, Cortana le advierte que Halo no destruiría a los Flood, sino a su comida, (humanos, Covenant, etc.) en un radio de 3 galaxias haciendo morir de inanición al parasito. Esto vuelve al Jefe y a Spark en enemigos y ahora tenia que enfrentarse a sus guardianes robóticos, los Centinelas, a los Flood y a los Covenant.

Cortana concluye que la única manera de evitar la activación de Halo es destruir el anillo, llevándose consigo a los Flood y a una buena parte de la Armada Covenant y con una explosión nuclear seria suficiente, la idea de ella es activar la secuencia de detonación de la Pillar of Autumn, que se habia estrellado en Halo, pero necesitaba los implantes neuronales del Almirante Keyes que, una vez mas habia sido llevado a la Verdad y Reconciliación, ahora bajo ataque por los Flood, pero fue demasiado tarde para él y cuando fue encontrado por el Jefe y Cortana, habia sido mutado y transformado en una forma que actuaba como un cerebro Flood, luego se apropian de sus implantes y viajan en una banshee hacia la Autumn, donde esperaban que el plan saliera a pedir de boca, pero debido a ciertas acciones del monitor se ven obligados a destruir los reactores de fusion de la nave, iniciando una reacción en cadena y se ven forzados a evacuar en un jeep Warthog en menos de 6 minutos, recorriendo casi 3 kilómetros ocupados por fuerzas enemigas, ellos escapan en un Longsword Fighter alejándose de la atmósfera de Halo y contemplando su destrucción.

Después de los creditos se revela que 343 Guilty Spark logro huir del anillo, y la historia continua en Halo 2.